sawaさん

ユニットとダクトの開口部が離れているのは一般的には余り問題とならないと場合が多いです。

問題となるのは低音だけではなく中高音も漏れて来るためで、低音は150Hz以下では人間の耳は指向性を持たないので何処から出ていても分かりません。
極端な話、低音だけなら後ろから出て来ても構いません。

開口部が大きいと共振周波数が高くなると同時にユニットの後ろから出て来た音が漏れてくるので不自然に感じます。
ダクトを小さく、長くすると中高域に対してはフィルターとなり増強された低音だけしか出て来ませんので不自然さは無くなると思います。
…とは言っても、僅かに漏れて来る分は有りますので、それを最小限の吸音材を使用して軽減します。

たてちゅうさんのMASAIなどは似た構成で一番上にユニットで一番下にダクトが有りますが、全然問題は有りません。

今の状態でダクトのチューニングを変更してみて下さい。